Cours
- Notions de base : i) énergie, ii) géométrie 3D, iii) recherche de conformation, iv) liaisons, v) orbitales moléculaires.
- Méthodes de modélisation moléculaire : i) mécanique et dynamique moléculaire, ii) chimie quantique, iii) modèles de solvant.
- Modélisation moléculaire pour la biologie et la pharmacie : i) modélisation de protéines, ii) docking d’une molécule dans le site actif d’une enzyme, iii) réactivité chimique, iv) relation structure-activité et QSAR.
Exercices dirigés en salle Informatique
- Stéréochimie, recherche de conformation, énergie
- Calcul de propriétés physico-chimiques (p. ex. spectres infrarouge, répartition de charge, force d’une liaison), corrélation avec des données expérimentales.
- Réactivité chimique, p. ex. activité anti-oxydante.
- Interaction d’une molécule avec le site actif d’une enzyme (docking).